Fülep Ferenc egyszerű, kilenc gyermekes család tagjaként látta meg a napvilágot Szerencsen. Tanulmányait a debreceni egyetemen végezte Járdányi-Paulovics István vezetésével, amelyet a háború kényszere egy időre megszakított. Debreceni díjtalan gyakornoksága után előbb a székesfehérvári múzeum élére került, majd Budapestre a Közgyűjtemények Országos Főfelügyelőségére, illetve a Magyar Tudományos Tanácshoz. 1951-től a Történeti Múzeum vezetője, majd az intézmény nevének visszaadása után: Magyar Nemzeti Múzeum, annak főigazgatója lett. Ezt a tisztséget haláláig töltötte be. Kandidátusi fokozatának megszerzése után a nagytétényi római tábor feltárásán, az intercisai feliratok feldolgozásán, majd egyre nagyobb intenzitással Pécs római ásatásain dolgozott. Munkásságának legjelentősebb része ennek az emlékanyagnak a feldolgozásával kapcsolatos, akadémiai doktori fokozatát erről írt monográfiájával szerezte meg. Kutatási eredményei mind a pannoniai későrómai emlékanyag kutatása, mind a pannoniai ókereszténység története számára kiemelkedő fontosságúak. 
Feltárásai során mindvégig figyelemmel volt a régészeti maradványok műemléki értékeire, mind Nagytétényben, mind Pécsett javasolta és támogatta műemléki programok megvalósítását. Erre Pécsett előbb a II. sírkamra ismételt feltárása kapcsán nyílt lehetősége, majd pedig különösen az ókeresztény mauzóleum előkerülésekor, hiszen ez a sírépítmény még töredékes voltában is kivételes gazdagságban és művészi színvonalon testesíti meg az ókeresztény művészet sopianae-i sajátságait. Kezdeményezésére és közreműködésével elkészült a műemléki bemutatás terve, megírta előzetes tanulmányát és összefoglalóját, ami utóbb a mauzóleumot bemutató füzet vezető tanulmánya lett, de a halál megakadályozta abban, hogy a restaurált és védőépületben konzervált maradványokat kész állapotban is láthassa.
A régészeti lelőhelyek és helyszínek biztosítása, védelme, bemutatása figyelme középpontjában állt. A magyar UNESCO bizottság alelnökeként többször nyílt módja ráirányítani a figyelmet erre a témakörre. Ezzel függ össze az is, hogy 1980-ban az UNESCO szakértőjeként a helyszínen véleményezte az olduvai előember-leletek bemutatásának lehetőségeit. Elnöke volt az ICOM Magyar Bizottságának, és az ICOM 1977-es, Leningrádban és Moszkvában tartott kongresszusán megválasztották az azon belül létrehozott „ICMAH”elnökének (International Committee for Museums and Collections of Archeology and History). Ezt a tisztséget 1977 és 1983 között töltötte be, miután három évvel később, az ICOM 1980. október 27. és november 4. között Mexikóban tartott 12. kongresszusán ismételten megválasztották erre a tisztségre. Tevékenysége folyamatosan arra irányult, amint arról több alkalommal adott tájékoztatást szakmai körben, hogy a régészeti lelőhelyek műemléki kezelése megfelelő elismertségre jutva a kulturális örökség, a műemlékek szintjére emelkedjen. Másokkal együtt végzett előkészítő munkája és fáradozásai nem voltak hiábavalók, mivel 1985-ben megalakult az ICOMOS ICAHM (International Committee on Archaeological Heritage Management) nevű bizottsága.
Fülep Ferenc a tudományos és a kulturális örökség épített műemléki és régészeti emlékeinek megőrzése terén határainkon is túlnyúlóan fejtett ki széleskörű tevékenységet.